Darko Muženič je funkcijo direktorja NPU prevzel že 1. junija 2019, a je bil 6. maja 2020 s tega položaja razrešen in premeščen v vodstvo policije. NPU ponovno vodi od danes. Pred zaposlitvijo v Policiji je bil direktor Urada RS za preprečevanje pranja denarja.
Vodenje NPU je danes prevzel od Boštjana Mlačnika, ki je pred kratkim na tem mestu zamenjal Petro Grah Lazar.