V kazenski zadevi zoper Dušana Merca je pristojna tožilka, ki ni več zaposlena na Okrožnem državnem tožilstvu v Ljubljani, na podlagi kazenske ovadbe in priložene listinske dokumentacije na Okrajno sodišče v Ljubljani avgusta 2014 vložila obtožni predlog zaradi kaznivega dejanja nevestnega dela v službi. Sodišče je opravilo sodni preizkus obtožnega predloga in ga dopustilo ter novembra 2018 razpisalo prvo glavno obravnavo, na kateri se je Dušan Merc v svojem pisnem in ustnem zagovoru prvič opredelil do očitkov iz kazenske ovadbe.
Ker je Dušan Merc v svojem zagovoru zadevo osvetlil z relevantnimi okoliščinami, ki so pomembne za oceno njegovega ravnanja, so zadevo, po prejemu prepisa njegovega zaslišanja, na Okrožnem državnem tožilstvu v Ljubljani ponovno preučili. Po preučitvi listinske dokumentacije spisa ter ustnega in pisnega zagovora je zaradi ocene, da Dušanu Mercu ni moč očitati, da je bila zaradi njegovega ravnanja učencema povzročena hujša kršitev njunih pravic, saj jima ni bila kršena ustavna pravica do izobrazbe in šolanja - s čimer ni več podan eden od zakonskih znakov očitanega kaznivega dejanja, je Okrožno državno tožilstvo v Ljubljani obtožni predlog umaknilo.
