Sedmega avgusta 1581 sta umrla Vid Heinnegger in njegova druga žena. S prvo žene je imel štiri sinove, z drugo hčerko Ano. Na njunem nagrobniku, ki je danes vzidan v stene stolnice, je v zgornjem delu nagrobnika podoba križanega.
1582
V Gornjem Mariboru je evangeličanstvo širil Jurij Gabelkamer, v mestnem gradu pa Miha Naglitsch. O verski praksi v mestu poda sliko vizitacija papeškega nuncija Germanika Malaspine. V župnijski cerkvi so obhajali pod obema podobama, toda ne pristašev nove vere, ki so se sicer dali poročiti po katoliškem obredu. Župnik Jurij Žehel je v cerkvi do leta 1587 dovoljeval pokopavati tudi luterane in je zahajal k njim na dom, zlasti še k plemičem, ki bi po njegovih besedah poklicali luteranske pridigarje, če se on ne bi odzval vabilu. Ker sta duhovna in svetna gosposka menili, da Žehel premalo stori za zajezitev luteranstva v mestu, je bil ta leta 1583 ponovno klican v Gradec na zagovor in krški škof mu je hotel župnijo odvzeti, vendar so se meščani zavzeli zanj.
1583
Predstavniki mesta so se z nadškofijskim vicedomom v Lipnici pogajali za salzburško hišo (v Vetrinjski ulici), da bi jo uporabili za spravilo žita in drugih živil, pri čemer je posredoval deželni proviantni mojster Melhior Hueber. Pogajanja niso uspela, zato je ob koncu stoletja na koncu Vetrinjske ulice zrasla hiša deželenih stanov (Freihaus, Frajovž), namenjena oskrbi mesta v primeru vojne, podobno kot na Ptuju in v Radgoni.
1583-1585
Mestni grad je doživel svoje prve večje gradbene posege. Šlo je za obnovo "pomotoma" porušenega mestnega obzidja med Ulrikovimi vrati in bastijo, ki je bilo nato povišano za dve kIaftri, za zgraditev južnega dela sedanjega vzhodnega grajskega trakta, pokritega s plitvo sedlasto streho, ki je služil kot konjski hlev, ter za postavitev zidu med jugovzhodnim vogalom deželnoknežjega dvora in severozahodnimi mestnimi UIrikovimi vrati. Zid je zaprl za njim nastalo »grajsko« dvorišče z vrtičem, vendar pa s prehodom mestnim branilcem omogočal nemoten dostop do bastije.
1584
Na Vurberku je bila čarovništva obtožena Helena Trinkl. Kot svoji kolegici je navedla Margareto Šuster in Barbaro Sabotnik, prvo kot mojstrico. Obe so nato odvlekli v Maribor na mučenje. Sabotnikova je kljub mučenju molčala, v začetku tudi Šusterjeva, toda kmalu je postala zelo zgovorna. Obtožila je več kot deset ljudi. Preiskave v Mariboru, na Vurberku in v Hrastovcu so trajale celo leto.
Kot kragulji so odletele proti Vurberku
1586
Konec avgusta je epidemija kuge zajela tudi Maribor. Prvič se omenja gospoščina Ravno polje (Ebensfeld), ki je že leta 1589 veljala za luteransko oporišče.
1587
Deželni knez in nadvojvoda Karel II. je mariborskemu magistratu v zvezi z luterani poslal ostro pismo, ki pa očitno ni zaleglo, saj je dva meseca kasneje na mesto naslovil novo pismo z opominom, leta 1589 pa je odposlal posebno komisijo, ki naj bi raziskala stanje v mestu in primerno ukrepala. Komisija je sestavila dolg zapisnik, namenjen mestnemu sodniku in svetu, z ukazi, kako naj ukrepa glede luteranov. Po odhodu komisije ni dejavnost luteranov v ničemer pojenjala, zato je vznemirjeni župnik Manikor krškemu škofu pošiljal poročila o gibanju nove vere v mestu in okolici, ta pa deželnemu knezu in nadvojvodi Ernestu. Nadvojvoda Ernest je zapisal, da se na območju Maribora še vedno zadržujejo predikanti in da so Mariborčani enemu izmed njih dovolili poučevati v neki hiši v mestu, nekemu drugemu pa pridigati v mariborskem gradu. Zato jim je ukazal, naj pri priči odslovijo predikante in učitelja, v nasprotnem primeru pa jim zagrozil s plačilom globe dvesto dukatov.
Na kraju, kjer stoji cerkev Device Marije v Brezju, so postavili majhno leseno kapelo. Zgradili so jo, ker je lastnik naselja Sv. Miklavž grof Herberstein na miklavškem pokopališču prepovedal pokopavati mrliče iz Dogoš in Zrkovcev. Pristojne cerkvene oblasti so prosili za dovoljenje za kapelo, pokopališče in hišo za cerkovnika. Že čez nekaj let je lesena kapela zgorela. Požgali naj bi jo bili protestanti, ki so takrat bivali v Mariboru. Leta 1592 so postavili zidano cerkev. Prvotno cerkev so skoraj v celoti porušili ali prezidali. Ostal je le še osrednji prostor z obokom, ki je zgrajen v izrazito gotskem stilu. Leta 1632 je sekovski škof mariborskemu župniku Andreju Antonu Trostu poslal listino, iz katere je razvidno, da je bila cerkev v zelo slabem stanju. V letu 1632 so povišali cerkveno ladjo in prizidali zvonik. V tistih časih je cerkev postala pomembno romarsko središče. Sedanji oboki so bili sezidani v letu 1757. Takrat so postavili tudi stranska oltarja sv. Roka in sv. Florijana. V času Napoleona, med letoma 1801 in 1809, je bilo v cerkvi skladišče streliva. Leta 1846 so jo znova obnovili. Glavni oltar je iz začetka 18. stoletja, Marijin kip pa iz začetka 17. Okoli cerkve je ohranjen pokopališki zid, v katerega so vzidani nagrobniki z nekdanjega pokopališča okoli cerkve (1592-1595).
V Mariboru se je pričela organizirati podravska protestantska verska skupnost. Že pred prihodom novega župnika Manikorja v mesto so štajerski deželni stanovi iz Gradca poslali predikanta Sigmunda Lierzerja, ki pa si ga ni upal nihče od meščanov vzeti pod streho. Zato ga je lastnik Betnave Wolf Viljem Herberstein vzel na svoj grad, kjer je Lierzer pričel opravljati verske obrede in pridigati. Zdaj so se tudi Mariborčani imeli priložnost udeleževati luteranskega bogoslužja in so množično zahajali na Betnavo.
Mariborski župnik je postal Anton Manikor in to ostal do svoje smrti 18. junija 1601. Doma je bil iz Koser na južnem Tirolskem. Veljal je za vplivnega, saj je bil bližnji sorodnik krškega pomožnega škofa Antona Manikorja. Z njim se je začelo obdobje ostrih cerkvenih bojev v Mariboru. Manikor je bil znan po številnih sporih z neposlušnimi kaplani ter številnih pritožbah in poročilih, ki jih je zaradi mariborskih beneficijev, beneficijatov in mesta pošiljal krškemu škofu.
