Pri tem ne gre pozabiti, da si je v frančiškanskem samostanu mogoče ogledati muzejsko knjižnico, v kateri so knjige z letnico vse od leta 1474 do leta 1830. Knjižni fond, ki obsega 1555 izvodov, ima tudi več rokopisov. Knjižnico bogatijo prvotiski, inkunabule - knjige, ki so bile natisnjene pred letom 1500. Med raritetami je knjiga o fiziki iz leta 1574, morda najstarejši učbenik fizike na Slovenskem. Zanimiva je knjiga zemljevidov, ki opisuje Cerkniško jezero.
V frančiškanskem samostanu je tudi muzej, ki prikazuje verske in kulturne dejavnosti v trojiškem samostanu in življenje v župniji Sveta Trojica. Muzejska zbirka obsega različne eksponate od dragocenih liturgičnih predmetov (mašni plašči, cerkveno posodje, relikvije, votivne podobe, igralnik za orgle) pa do gospodinjskih, mizarskih, steklarskih in drugih predmetov, ki pa so danes že redkost. Samostanski muzej je odprt za javnost in je vreden ogleda. Za ogled se je treba najaviti. Vstopnine ni. Za vzdrževanje muzeja so dobrodošli prostovoljni prispevki. Patri frančiškani za knjižnico in muzej lepo skrbijo ter skrbno varujejo vse knjige in muzejske predmete. Obisk knjižnice je posebno doživetje, saj so v njej redki primeri, vredni spoštovanja.
