Čeprav naj bi program posledic poplav presojal tudi zavod za varstvo narave, se to ni zgodilo, ker naj bi ministrstvo poslalo preskopo dokumentacijo oziroma ni bilo dovolj podatkov za presojo. Na ministrstvu za naravne vire in prostor (MNVP) na vprašanje, zakaj zavod (ta je sicer sodi prav pod ministrstvo) ni bil vključen v pripravo programa, če je bil tak sprva namen, odgovarjajo: "Program odprave posledic škode (sprejet 16. maja letos) med drugim vključuje vrsto in predvideno število stvari in objektov, ki jih je treba obnoviti ali zgraditi, ter ocenjeno višino sredstev po posameznih ukrepih. Program je pripravljen na podlagi Zakona o odpravi posledic naravnih nesreč. Po svoji vsebini je finančne narave. Na podlagi sanacijskega programa bodo pripravljeni letni programi, ki bodo vsebovali opise posameznega ukrepa, v skladu s 97. členom Zakona o ohranjanju narave pa bodo v tej fazi pripravljene tudi naravovarstvene smernice. Program sanacije je bil Zavodu RS za varstvo narave posredovan februarja 2024 z namenom, da ga pregleda, komentira in po potrebi ustrezno dopolni, saj program vsebuje tudi seznam za obnovo potrebnih posebnih objektov na območjih naravne vrednote oziroma zavarovanih območjih."

Kakšno bo sodelovanje z zavodom (in ostalo stroko) v prihodnje? In predvsem, kako bo formalizirano sodelovanje s stroko? "Sodelovanje je že sedaj formalizirano, saj se za vse posege v vodotoke predhodno pridobi naravovarstvene smernice. Ker se zavedamo, da s posegi v vodotoke, ki so sicer nujni za zagotavljanje učinkovitega obvladovanja poplavne ogroženosti, povzročamo tudi nekatere strukturne in funkcionalne spremembe v vodnih ekosistemih, si na ministrstvu skupaj z direkcijo za vode prizadevamo, da te motnje sistemsko ovrednotimo in seveda tudi zmanjšamo na najmanjšo možno mero. Za ta namen (so)organiziramo tudi strokovna srečanja, posvetovalne sestanke ter izvajamo interdisciplinarno oblikovane razvojne in raziskovalne projekte za doseganje naravovarstvenih ciljev in ciljev obvladovanja podnebnih in vodnih tveganj (poplave, erozija, suša)," odgovarjajo na MNVP. 

Na odsekih rek, kjer je z intervencijami nastala očitna krnitev ekosistemov, bo možnost vrnitve vodotokov v naravno stanje težko izvedljiva, največkrat sta v koliziji interesov narava in kmetijstvo, poročajo z MNVP in napovedujejo dolgotrajen proces usklajevanj: "Dejstvo je, da je k poškodovanju obvodnih habitatov veliko prispevala že sama naravna nesreča, saj je voda ponekod odnesla brežine, spremenila tok, s tem pa seveda poškodovala tudi vodne in obvodne ekosisteme. Eden od ciljev pri upravljanju voda je tudi izboljševanje biodiverzitetnih, bioloških in hidromorfoloških vrednot vodnih in obvodnih ekosistemov. Večanje sonaravnosti strukturnih in funkcionalnih elementov rečnih ekosistemov je povezano z obstoječo rabo prostora ob bregovih in lastništvom zemljišč. Stavbna zemljišča ob vodotokih večinoma uspešno protipoplavno varujemo zato, da ostanejo stavbna. Zunaj območij naselij pa se srečujemo s politiko varovanja kmetijskih zemljišč. Vrnitev vodotokov v bolj sonaravno stanje na teh območjih bi bila zato možna le s prekvalifikacijo kmetijskih zemljišč v vodna. Možnosti torej so, verjetno pa bo to dolgotrajnejši proces, kot bi si ga upravljavci voda želeli."

Pri tem vsa vodarska stroka, ne le tista, ki zagovarja sonaravne rešitve, poudarja, da projekti zastajajo. Na ministrstvu so kratki: "Projekti se tehnično pripravljajo, z ZRSVN pa se usklajevanje začenja."