Prvega aprila 2001 je bila po večletni obnovi odprta nekdanja mariborska sinagoga, ki je najvažnejši ostanek srednjeveške judovske dediščine na Slovenskem in obenem ena najstarejših ohranjenih sinagog v srednjeevropskem prostoru. Mestna občina Maribor jo je kot njena lastnica predala v upravljanje Pokrajinskemu muzeju Maribor, ki je začel snovati njene izvirne vsebinske podlage.
Temeljni program, ki sta ga določala narava objekta in njegova zgodovina, je bil od samega začetka program ohranjanja, negovanja in prezentacije judovske kulturne dediščine na ozemlju današnje Slovenije. Sprva programa muzejsko-dokumentacijskega centra niso mogli ustrezno in podrobneje definirati (Uprava za kulturno dediščino Republike Slovenije je ocenila, da bi bila definicija "Center judovske kulturne dediščine" malo preambiciozna in bi bila definicija muzejskega informativnega središča dovolj), medtem ko so v segmentu javnih kulturnih programov sprejeli prevladujoče mnenje stroke, da naj bodo kulturni programi vsebinsko raznoliki, kakovostni in tematsko občasno prilagojeni prezentaciji judovske kulturne dediščine in aktualne kulturne ponudbe iz države Izrael oziroma judovskih ustvarjalcev iz Evrope in ZDA.
Ta programski sklop se je že konec leta 2001 uspešno uveljavil in so ga kasneje dograjevali. Za vsebinsko podobo je skrbel tudi poseben strokovni programski odbor, ki ga je vodil prof. dr. Bruno Hartman. Vse to je pripomoglo, da je bil leta 2011, ob desetletnici odprtja, ustanovljen samostojni Center judovske kulturne dediščine Sinagoga Maribor. Njegov prvi direktor je bil dr. Marjan Toš. Od septembra 2017 ga vodi Boris Hajdinjak.
