V uradnem postopku so ga seznanili z razlogi za razrešitev in ga pozvali, da se do njih opredeli. Vaupotič je bil na mesto direktorja sicer imenovan aprila 2021, od tedaj pa je bilo izrečenih več opozoril glede slabega vodenja javnega zavoda - v javnih pismih so na to opozarjali zaposleni in organi zavoda. Tudi v tem mandatu je ministrstvo prejelo več opozoril o posamičnih težavah pri sodelovanju z umetniki in realizaciji programa ter o slabih odnosih med vodstvom in zaposlenimi. Zaradi tega se je ministrica Asta Vrečko z Vaupotičem tudi sestala.
Za STA so na ministrstvu pojasnili, da sta v zadnjem času na slabo vodenje zavoda ponovno opozorila strokovni svet in svet zavoda. Vodenje Vaupotiča sta v uradnih dopisih, ki sta jih v skladu s svojimi nalogami posredovala na ministrstvo, ocenila kot "strokovno nekompetentno, negospodarno in netransparentno, kar se odraža tudi v neizvajanju načrtovanega programa, izpostavljen je bil tudi neprimeren odnos do zaposlenih".
Strokovni svet in svet javnega zavoda zaradi "neusklajenosti, napak in pomanjkljivosti" nista potrdila niti letnega poročila Moderne galerije za leto 2022, prav tako nista potrdila programa dela in finančnega načrta za leto 2023, "saj ni usklajen z odločbo ministrstva". Zato se skladno s predpisi zakona o izvrševanju proračuna od aprila 2023 Moderna galerija začasno financira le 80-odstotno, so zapisali na ministrstvu.
Vaupotič je za STA že sredi aprila na novinarsko vprašanje, zakaj po njegovem mnenju tako letno poročilo za lani kot program dela in finančni načrt za letos nista dobila soglasja sveta javnega zavoda, zapisal, da se "kot direktor trudi z ustreznim seznanjanjem članov, osebno pa to pripisuje spremembam v njegovi sestavi - povezano s spremembo sklepa o ustanovitvi".
Predsednica sveta Moderne galerije Urška Jurman pa je že konec marca za STA zapisala, da svet zavoda poročila za leto 2022 ni potrdil, ker je to "nedosledno, pomanjkljivo, z napakami in mestoma zavajajoče". Kot je še zapisala, so zaradi več nejasnosti pri porabi javnih sredstev, ki nakazujejo negospodarno rabo javnih sredstev, ustanovitelju predlagali tudi izvedbo revizije finančnega poslovanja javnega zavoda za leto 2022. O programu, h kateremu svet zavoda prav tako ni dal soglasja, pa je zapisala, da je "pomanjkljiv, še ni usklajen z odločbami ustanovitelja ter zbuja skrb o zagotavljanju poslanstva javnega zavoda".
